第五季紧接第四季末尾的陨石雨灾难。克拉克进入中央堪萨斯大学，结识了未来正义联盟的成员“水行侠”亚瑟·库里。本季核心矛盾围绕“氪石制造的超级恶棍”与“莱克斯的彻底黑化”两条线展开。克拉克首次面对无法用力量战胜的敌人——布莱尼亚克，一个来自氪星的AI，它试图重置地球。为了拯救拉娜，克拉克第一次主动进入氪星飞船并学会了飞行。与此同时，莱克斯发现了克拉克谷仓下的飞船残骸，他开始怀疑克拉克的秘密，但因为对友谊的最后一丝眷恋而没有揭穿。季终，拉娜被卷入爆炸，莱克斯在爆炸中毁容，他看着镜中的自己，眼中最后一丝人性消失。而克拉克抱着拉娜的尸体飞向太阳，试图用太阳能救活她。
《超人前传》最黑暗也是转折性的一季。“学会飞行”本应是高光时刻，却被笼罩在莱克斯黑化的巨大悲剧阴影下。编剧对卢瑟父子关系的心理挖掘达到了系列巅峰，使得莱克斯的堕落充满了宿命论的悲壮感。最后一幕克拉克飞向太阳的逆光镜头，极具宗教史诗感。
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